Holzkirch wurde im Jahre 1362 erstmals urkundlich erwähnt und kam 1385 in den Besitz der Freien Reichsstadt Ulm (zuvor im Besitz der Herrschaft Albeck).
Als Ulm 1803 seinen Status verlor, kam der Ort mit Ulm zu Bayern. Der Grenzverlauf zwischen Bayern und Württemberg wurde 1810 in einem Vertrag endgültig festgelegt und Holzkirch wurde württembergisch.
1836 zählte der Ort 286 Einwohner. In einer Beschreibung heißt es:
Der Name des Dorfs rührt ohne Zweifel von der Lage des Orts und der sehr alten Kirche her; an dem Kirchturm steht sogar die Jahrszahl 914 (DCCCCXIIII) in Stein gehauen, scheint aber nicht aus jener Zeit her zu rühren.
Wappen
Die Kirche als Figur deutet auf den Gemeindenamen hin und bedeutet wohl "Kirche im Wald". Die beiden Farben Rot und Silber erinnern an die ehemaligen Besitzer der Herrschaft Albeck (selbige ehemals Besitzer Holzkirchs), der Markgrafen von Burgau und der Grafen von Werdenberg.
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